The Archaeological Museum of Rethymno holds finds from across the district spanning the Neolithic to the Roman era, including Minoan pottery, clay larnakes, jewellery and coins. Since 2015 the collection has been displayed temporarily in the catholicon of the 16th century Monastery of Agios Fragkiskos (Saint Francis), at 4 Agiou Fragkiskou Street in the Old Town, after earlier homes in the Loggia and the pentagonal building by the Fortezza gate. It is run by the Greek Ministry of Culture and is closed on Mondays. Hours and tickets can shift, so confirm by phone before visiting.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου φυλάσσει ευρήματα από ολόκληρη την περιοχή, από τη Νεολιθική έως τη Ρωμαϊκή εποχή, ανάμεσά τους μινωική κεραμική, πήλινες λάρνακες, κοσμήματα και νομίσματα. Από το 2015 η συλλογή εκτίθεται προσωρινά στο καθολικό της Μονής Αγίου Φραγκίσκου του 16ου αιώνα, στην οδό Αγίου Φραγκίσκου 4 στην Παλιά Πόλη, ύστερα από προηγούμενες στεγάσεις στη Λότζια και στο πεντάγωνο κτίριο δίπλα στην πύλη της Φορτέτζας. Λειτουργεί υπό το Υπουργείο Πολιτισμού και είναι κλειστό τις Δευτέρες. Οι ώρες και τα εισιτήρια αλλάζουν, οπότε επιβεβαιώστε τηλεφωνικά πριν την επίσκεψη.